婴幼儿胃肠道功能紊乱是一种与年龄相关的、慢性、周期性的反复症状，主要包括：反胃、反刍综合征、反复呕吐、胀气、功能性腹泻、排便困难、功能性便秘。

反胃：4个月大的健康婴儿，占到67%，一天会发生不只一次反胃，10-12个月大时会下降到5%，牛奶过敏会伴随湿疹与哮喘出现频繁的反胃。
反刍综合征：3-8个月发作。

反复呕吐：三分之二的患者有肠易激惹综合症病史，11%有偏头疼。

胀气：表现为喂养后哭闹且无法安抚，表情痛苦、腹部膨胀、产气、脸红、腿弯曲至腹部。如果有牛奶不耐受或者食管炎问题，可使用水解蛋白配方抑制胃酸分泌。

功能性腹泻：粪便通常包括粘液或未消化的食物残渣，需避免禁食，因为这会导致热量摄入不足。

排便困难：发生于健康婴儿的便秘会随着年龄增长而减少。许多幼儿会在18周掌握部分自主排便，但是全部完成的时间有所差异。

轻度胃肠道不耐受问题，例如易怒、反胃、胃肠胀气和大便坚硬等是婴幼儿喂养过程中常见的现象。而通过改变标准配方奶的组成可能会缓解这些症状，改变方式包括使用部分水解蛋白来促进消化，降低乳糖的含量缓解胃肠胀气。通过研究发现：蛋白生物标志物水平在正常范围内，从营养学的角度来讲，部分水解蛋白，低乳糖配方是合适的配方奶，具有良好的耐受性。